Вообще горизонтально шьют... Хотя бывает и вертикально) Кому как в голову зайдет. Просто, если шить горизонтально, швы в области шип, будут от непогоды закрыты пазом, т.е меньше будет гнить. Но сейчас столько отделочных материалов, и более долговечных, и эффектных, да и по цене приятнее) Зачем Вам вагонка? 10 лет и менять все равно придется...
Если долговечно, то лучше минеральной ватой.Потом пошпаклевать ее и надуть барашек.А если на несколько лет, то вагонкой. Рейки прибивать горизонтально. Расстояние между ними- 40 см. Выбор за вами.
Раньше, то что вы описали было проблемой и вопросом. Но сейчас большинство производителей, делают четко горизонтальную, или четко вертикальную вагонку. Качество очень хорошее. Предусмотрена вентиляция, влага под вагонку не попадает. Я бы вам советовал обратить внимание именно на такую вагонку.